Il Parco comprende la zona storico-monumentale della Città Alta di Bergamo e le circostanti colline, ricche di aree boscate e di versanti terrazzati con orti, prati e vigneti, fino agli ambienti fluviali di pianura, lungo il Serio e il Brembo. Di particolare pregio naturalistico le fustaie di latifoglie sui versanti del Canto Alto e nella Valle del Giongo e nei boschi di Astino e dell'Allegrezza. Inseriti nel paesaggio naturale del versante collinare occidentale di Bergamo si trovano numerosi edifici rurali e residenziali di notevole pregio architettonico e monumentale, oltre al complesso dell'ex monastero di Astino e ai ruderi del Castello dell'Allegrezza.
Il Parco è considerato il polmone verde della città dove vi è la presenza di un orto botanico con un percorso didattico.
Questo territorio presenta alcuni caratteri particolari nonostante la sua superficie sia piuttosto limitata. Qui infatti si possono osservare la prevalenza di spazi verdi coltivati che si trovano in ambienti sia pianeggianti che collinari che montuosi. Sin dall'antichità il complesso collinare di Bergamo è stato particolarmente ospitale all'insediamento umano, soprattutto lungo i pendii poco marcati che si trovano a mezzogiorno. Anche per questo i paesaggi sono estremamente vari anche grazie al susseguirsi delle attività dell'uomo che ha così modificato questo paesaggio.
La locazione del parco appartiene alle Alpi Meridionali. L'età della nascita dei colli risale tra i 200 e i 70 milioni di anni fa, nell'epoca del Triassico. Le rocce presenti sono di tipo sedimentario; sono presenti inoltre molti tipi di rocce calcaree come le Calcare di Sedrina, Calcare di Moltrasio, Calcare marnoso di Domaro. Sono anche presenti depositi quaternari rappresentati dalle argille lacustri con sabbie nella zona di Almè e Petosino.
Istituito nel 1977 per rispondere all'esigenza di salvaguardare e valorizzare un equilibrio tra la natura e la presenza umana (L.R. n. 36 del 18 agosto 1977), è il terzo parco regionale dopo quelli del Ticino e delle Groane.
È in questo variegato mosaico di ambienti che è ancora oggi conservato un prezioso patrimonio faunistico e floristico, il cui studio e la cui salvaguardia sono da sempre tra i principali obbiettivi del Parco.
I boschi di latifoglie costituiscono l'habitat più rappresentativo del Parco con oltre 2300 ettari di superficie. Prevalgono i boschi misti disetanei di castagno, robinia, carpino nero. Più localizzati ma caratteristici sono i querceti a farnia, gli aceri-frassineti e gli ontaneti con ontano nero, salice, pioppo nero e platano. Tra le specie esotiche, introdotte dall’uomo, il Parco annovera, oltre la robinia, la quercia rossa, il liriodendro e alcune conifere da rimboschimento quali pino nero e pino strobo.
Nel sottobosco troviamo il nocciolo, il sambuco, il biancospino, il maggiociondolo, il ligustro, il nespolo selvatico, il caprifoglio, l’evonimo, il viburno, il pungitopo e alcune specie di felci. Per quanto riguarda la flora, ricordiamo la peonia selvatica, il giglio rosso, gli iris, il bucaneve, i mughetti, le genziane, il narciso selvatico, la timonella, le primule e varie specie di orchidee selvatiche.
I diversi habitat del Parco sono colonizzati da molteplici specie animali. La classe più rappresentata è quella degli uccelli tra cui ricordiamo il picchio rosso maggiore, il picchio verde, il rampichino, il picchio muratore e la ghiandaia, abitanti dei boschi di latifoglie, e la rondine, la tortora selvatica, il succiacapre e l’averla piccola tipiche delle zone agricole. Tra le specie ubiquitarie più comuni vi sono anche il fringuello, lo scricciolo, il codirosso, la capinera, la cinciallegra e la cinciarella.
Numerose anche le specie di rapaci nidificanti sul territorio del Parco: la poiana, il falco pecchiolo, il falco pellegrino, il gheppio e lo sparviere; e tra i notturni l'allocco, il barbagianni, la civetta e il gufo comune.
Molto diffusi anche gli anfibi tra cui rospi, rane rosse e verdi, raganelle, tritoni e salamandre.
Tra i rettili sono presenti alcune specie di sauri, quali il ramarro e la lucertola muraiola e diversi serpenti come biacco e saettone; rara e localizzata nei settori montani la vipera.
Tra i mammiferi ricordiamo le specie più note come il ghiro, lo scoiattolo, il riccio, il tasso, la volpe, la faina, la donnola e il capriolo.
L'antico monastero benedettino di Valmarina, recentemente restaurato, è la nuova sede del Parco dei Colli di Bergamo.
L'antico monastero è situato nella valletta detta di Valmarina, verso la località Ramera in comune di Bergamo, caratterizzata da un suggestivo paesaggio composto da terrazze a prato e coltivi.
La presenza di un monastero benedettino femminile nell'area è attestata sin dal 1150.
L'edificio ospitava una piccola comunità di religiose benedettine; il restauro recentemente realizzato ha permesso di conservare e valorizzare i locali "canonici" della vita benedettina (chiesa, refettorio, sala del capitolo).
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